نعى المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى، في بيان، "فقيد العلم سماحة العلامة السيد جعفر مرتضى، عن عمر شريف قضى معظمه في خدمة الدين الحنيف ونشر تعاليمه وحفظ تراثه وتبليغ احكامه"؛ واصفا الراحل بأنه "كان مثال العالم الفذ الذي أغنى المكتبة الإسلامية والعربية بأبحاثه ومؤلفاته التي اتسمت بالرصانة والموضوعية، واشتملت عناوين معرفية متنوعة. ولقد خسرت الحوزات والمراكز الدينية برحيله استاذا فقيها وباحثا رصينا وعلما كبيرا ترك انصع البصمات في مسيرته العلمية".
وأعلن أن جثمان الراحل يشيع عند الساعة العاشرة من صباح غد الأحد، من مجمع الامام الكاظم- حي ماضي ؛ ثم يوارى في ثرى بلدة عيتا الجبل عند الساعة الثالثة والنصف من عصر غد.
